Le hall d’accueil
Il met en avant trois thèmes. Le premier, « Les Jardins Botaniques, un monde en soi », expose les objectifs d'un jardin botanique, le définit et illustre les réseaux nationaux et internationaux. Le second "Du temps pour sortir de l'eau", aborde le développement des espèces végétales, leur adaptation. Enfin, le dernier thème "Le jardin botanique, trois siècles d'aventures", retrace l'histoire du Jardin Botanique de Bordeaux.
Salle des épices
Les installations abordent, de manière intéractive, les notions de biodiversité, d’évolution et de dynamiques végétales. En sortant de la serre, une explication sur son fonctionnement est développée.
La salle de l'Histoire de la Botanique
Elle présente un "Voyage des plantes et de la Botanique" qui retrace l'histoire de la Botanique depuis l'Antiquité à nos jours. Cette salle permet de découvrir l'utilisation des plantes médécinales, par exemple, ainsi que les botanistes de la région et leurs herbiers.
Reynald Giovaninetti donna au Jardin Botanique sa collection de sculptures en bois. Quelques unes sont visibles dans le musée botanique.
